Nama penuh beliau adalah Dr. Muhammad bin Abdullah bin Ali Muhyiddin, dari keluarga Muhyiddin yang berasal dari Zabid, Yaman. Bekas Pensyarah Kanan di kuliyah Syariah dan Qanun, Universiti Afrika Antarabangsa, Khartoum Sudan. Salasilah keluarga beliau bersambung ke Abdu Manaf bin Qusay bin Kilab bin Murrah bin Ka’ab bin Lua’i bin Ghalib bin Qurasy, datuk ke tiga Rasulullah SAW.

            Ayah beliau berhijrah ke Jeddah, dan disanalah beliau dilahirkan pada 1 muharram tahun 1393hijrah. Semasa kecil, beliau telah berkhidmat dan dididik oleh Syeikh Muhammad Abdul Rabb al-Nazzhori (sekarang anggota badan tertinggi bagi fatwa di Dubai), dan dari guru beliau ini dia belajar asas-asas agama. Ketika  datuk beliau Faqih Ali Muhyiddin, yang merupakan seorang yang alim mazhab Syafie menziarahi beliau dan ayahnya di Jeddah, dia telah berjumpa dengan Syeikh al-Murabbi al-‘Alaamah Abdullah Ahmad al-Nakhibi al-Yafi’i yang menjadi Imam di masjid Ba Baidhon, Hayyi Kandarah, Jeddah. Ketika itu Syeikh Abdullah an-Nakhibi berusia lebih kurang 90 tahun, dan beliau merupakan seorang ulama yang besar di Yaman di zaman mudanya, malah pernah menjawat menteri agama sebelum Yaman dikuasai oleh komunis. Maka Faqih Ali menasihatkan anaknya supaya Syeikh Muhammad belajar dari Syeikh Abdullah an-Nakhibi apabila melihat ketinggian ilmunya. Dari situ bermulalah detik Syeikh Muhammad yang baru berusia 10 tahun ditarbiyah dan dididik Syeikh Abdullah an-Nakhibi, beliau belajar pelbagai jenis ilmu termasuk fiqh syafie, nahu, aqidah, sirah, tarikh dan lain-lain.

Antara kitab-kitab yang ditadah dan dikhatamkan oleh Syeikh Muhammad pada gurunya yang tercinta ini adalah; Risalah Jamiah karangan Habib Ahmad bin Zain al-Habsyi, Mukhtasor Soghir dan Muqaddimah Hadhramiyah karangan Syeikh Abdullah Ba Fadhl, Safinatul Naja, Sullam Taufiq, Fathul Rahman, Matan Abi Syujaa’ berserta syarah Ibnul Qasim al-Ghazzi, Fawaid Thaminah karangan Habib Muhammad bin Hafez ayah kepada Habib Omar bin Hafez, Matan Zubad Ibnu Ruslan, Umdatus Salik Ibnu Naqib, Minhajut Tolibin Imam Nawawi, Tanbih Imam Syirozi dan lain-lain kitab fiqh Syafie.

            Manakala kitab-kitab hadith Syeikh Muhammad meriwayatkan dari gurunya an-Nakhibi Arbain Nawawiyah, berserta tambahan Ibnu Rejab Hanbali, Mukhtasor Ibnu Abi Jamrah, Bulughul Maram, Riyadhus Solihin dan thuluthiyaat Bukhari, Muslim, Tirmizi, Ibnu Majah, ad-Darimi, Tabrani, Imam Syafie dan Imam Ahmad.

Di antara kitab-kitab lain yang dikhatamkan pada Syeikh Abdullah Nakhibi adalah, Aqidah al Awwam, Jauharah Tauhid, al-Kharidah al-Bahiyah, Matan Waraqaat berserta syarah Mahalli, Risalah Imam Syafie, Bidayatul Hidayah, al-Adaab fid Din karangan Imam Ghazali, Unwan at-Taufiq fi adaan at-Toriq karangan Ibnu Ataillah Sakandari, Nasoih Diniyah, dan Hikam karangan Habib Abdullah al-Haddad dan lain-lain. Syeikh Muhammad telah mengkhatamkan kitab pada Syeikh Abdullah al-Nakhibi sahaja lebih dari 80 kitab. Beliau melazimi Syeikh Abdullah an-Nakhibi hinggalah Syeikh Abdullah wafat 27/3/1428 hijrah, dan beliau sendiri yang memandikan dan menjadi imam solat ke atas jenazah guru kesayangannya itu.

Selepas selesai pengajian beliau diperingkat Thanawi di Jeddah, beliau telah ke Sudan pada tahun 1412 hijrah untuk menyambungkan pengajiannya ke peringkat Universiti. Dan di Sudan beliau tidak hanya cukup belajar di university sahaja, malah beliau mengambil peluang untuk belajar dari ulama-ulama Sudan. Dan guru yang pertama beliau di Sudan adalah Al—Faqih Al-Muhaddith Syeikh Ahmad bin Abdul Salam al-Ja’li al-‘Abbasi al-Maliki. Dan dari beliau inilah Syeikh Muhammad mengkhatamkan kitab-kitab fiqh maliki seperti Risalah Ibnu Abi Zaid al-Qairawani, matan Ibni ‘Asyir, Muwato’ Malik riwayat Yahya al-Laithi, Awail Sunbuliyah dan sebahagian dari Sahih Bukhari selain dari banyak lagi kitab-kitab yang dikhatamkan.

Pada tahun 1418 hijrah, beliau bertemu dengan Musnid Sudan, Syeikh Musa’ad Basyir Haj Sudairah al-Husaini dan sejak itu Syeikh Muhammad melaziminya sehingga beliau mengkhatamkan kitab-kitab hadith yang besar-besar seperti Sohih Bukhari, Sohih Muslim, Sunan Abu Daud, Sunan Tirmizi, Sunan Nasa’i, Sunan Ibnu Majah,  Muwatto’ riwayat al-Laithi , riwayat al-Qa’nabi dan riwayat as-Syaibani, Musnad Imam Ahmad, Mu’jam Shoghir Tabrani, Zadul Muslim, Awail Sunbuliyah, Adabul Mufrad, Al-Azkar dan Riyadhus Solihin karangan Imam Nawawi, dan sebahagian dari Sunan Darimi dan Mustadrak Imam Hakim serta sebahagian besar dari Sunan Kubra al-Baihaqi. Selain dari kitab-kitab hadith, beliau juga mengkhatamkan kitab-kitab mustolah hadith, usul-fiqh dan lain-lain seperti Matan Baiquniyah beserta Syarah Hasan al-Masyat, Muqizoh Imam Zahabi, Muqadimah Ibnu Solah, Nuzhatun Nazor Ibnu Hajar, al-Ba’ithul Hathith dan lain-lain lagi.

Selain dari Syeikh Musa’ad, Syeikh Muhammad juga telah menadah kitab dari ulama Sudan yang lain seperti Syeikh al-Badawi Muhammad at-Tohir al-Husaiyni, imam besar masjid Khartoum, Syeikh Muhammad  bin Abdul Rahim bin Hamid al-Kahili, Syeikh Diyab Ahmad Diyab, Syeikh Muhammad Ali Bayan al-Habsyi, Syeikh Muhammad bin Ali at-Thoraifi al-‘Araki dan selain mereka.

Syeikh Muhammad Mahyuddin juga pernah bermusafir ke Yaman dan bertalaqqi dengan beberapa ulama di sana seperti Syeikh Ali bin Salim Bukayir Ba Ghauthan (mufti  Hadhramaut), Syeikh Sulaiman bin Ahmad al-Mahnabi al-Zabidi, Syeikh Umar bin Ismail al-Batthoh al-Ahdal dan Habib Salim as-Syatiri. Selain mereka guru-guru Syeikh Muhammad secara talaqqi adalah;

• Syeikh Ghulam bin Imam bin Nizar al-Afghani al-Hanafi (guru beliau dalam mazhab Hanafi)
• Syeikh Abdul Qadir Karamatullah al-Bukhari.
• Syeikh Nasr bin Muhammad al-Hasani al-Misri.
• Syeikh Yahya bin Abdul Razzaq al-Ghauthani ad-Dimasyqi.
• Syeikh Abdul Rahman bin Abdullah al-Ghaazi al-Hanafi Mufti Bangladesh.
• Syeikh Sa’duddin Sa’id al-Murad al-Hamawi as-Syafie.
• Syeikh Abdul Wakeel bin Abdul Haq al-Hasyimi al-Hindi.
• Syeikh Malik Bin Arabi as-Sanusi al-Maliki al-Libi.
• Syeikh Muhammad bin Habib al-Bushodi as-Syinqiti.
• Syeikh Muhammad bin Mahmud al-Hajjar al-Halabi as-Syafie.
• Syeikh Sayyid Hamid bin Alawi bin Tohir Al-Haddad (anak kepada bekas mufti johor, Dato’ Syed Alawi Tohir al-Haddad).
• Syeikh Solah bin Ahmad bin Abdullah al-Hamdani al-Yamani al-Zaidi (guru beliau dalam mazhab zaidi).

Selain mereka ramai lagi guru-guru talaqqi dan ijazah Syeikh Muhammad. Beliau juga memiliki ijazah kedoktoran PhD dalam bidang Syariah dan Undang-undang dengan keputusan cemerlang (imtiyaz) di Universiti Omdurman Islamiyah dan mendapat anugerah pelajar cemerlang yang disampaikan oleh Presiden Sudan sendiri ketika itu. Namun kerana cinta beliau terhadap ilmu, beliau tidak dapat menghadiri majlis penyampaian hadiah tersebut kerana menghadiri majlis talaqqi salah seorang daripada guru-guru beliau.

Beliau telah berkhidmat sebagai pensyarah kanan di Universiti Afrika Antarabangsa di Khartoum, disamping mengajar fiqh syafie dan hadith secara talaqqi di luar universiti.  Pengajian talaqqi beliau sering dihadiri oleh pelajar-pelajar university dan luar university, dan dari kalangan pelajar-pelajar  pelbagai negara yang berbeza mazhab dan pegangan. Akhlak mulia beliau dan sifatnya yang sangat merendah diri menyebabkan beliau sangat disenangi oleh mereka yang mengenalinya. Uslub pengajian beliau yang mudah difahami, dan sikap beliau yang terbuka dan sering menghormati pandangan yang berbeza juga menyebabkan ramai pelajar yang rasa selesa berada di majlis beliau. Beliau sangat mengambil berat tentang pelajar-pelajarnya, serta  membuat ujian kepada mereka selepas selesai  sesuatu bab dalam kitab pengajian dan memberi ijazah kepada murid-muridnya yang selesai khatam kitab-kitab yang dipelajari. Malah beliau sering memberi hadiah berupa kitab dan wang kepada murid-muridnya yang istiqamah berada di majlisnya. Ini membuatkan beliau sangat disayangi oleh murid-muridnya dan menambahkan semangat mereka untuk terus mendalami ilmu secara talaqqi.

Sekarang berkhidmat di Jeddah meneruskan kesinambungan para masyaikhnya mendidik dan menyebarkan ilmu fiqh dan hadith serta adab kepada penuntut ilmu. Di antara buku-buku beliau ialah Miáh Mukhtarah (Hadith), 40 hadith daripada 40 sahabat, Ahkam al-Jawwu wa al-Fadha’bayna fiqh al-Islamiy wa Qanun al-Duali, Idhah Musykilah Khafi dan beberapa kitab lagi.